對于運行MySQL，推薦使用FreeBSD 4.x或更新版本，因為其線程包更加完整。要想遇到一個安全、穩定的系統，你應當只使用標記-RELEASE的FreeBSD內核。
最容易因此是比較受喜歡的安裝方法是使用mysql-server和mysql-client移植，可從http://www.freebsd.org得到。
使用這些移植的益處包括：
- 一個全優化的工作在FreeBSD版本上的MySQL。
- 自動配置和構建。
- 啟動腳本安裝在/usr/local/etc/rc.d。
· 用pkg_info -L察看哪個文件被安裝的能力
· 如果你在那臺機器上不再想要MySQL，用pkg_delete完全刪除它們。
建議在FreeBSD 2.x版上使用 MIT-pthreads，在版本3和以上版本用原生線程。在一些2.2.x的以后版本使用原生線程運行是可能的，但是你可能碰到mysqld關掉的問題。
遺憾的是，FreeBSD調用的某些函數還不能完全保證線程安全。特別令人注意的是，包括gethostbyname()函數， MySQL使用該函數將主機名轉換為IP地址。在某些環境中，mysqld進程會突然造成100%的CPU負荷，不再響應。如果你遇到該問題，嘗試使用--skip-name-resolve選項啟動MySQL。
另外，還可以將FreeBSD 4.x中的MySQL同LinuxThreads庫連接，這樣可以避免一些原生FreeBSD線程執行時的問題。為了更好地將LinuxThreads同原生線程進行對比，參見Jeremy Zawodny的文章FreeBSD or Linux for your MySQL Server? 地址：http://jeremy.zawodny.com/blog/archives/000697.html 。
在FreeBSD使用LinuxThreads的已知問題有：
· 連接時間(wait_timeout、interactive_timeout和net_read_timeout)值不理想。現象是永久連接掛起較長時間，不能關閉，只有線程執行新命令時 'kill'線程方有效。
這可能是線程庫中的信號處理問題，信號不能中斷掛起的讀命令。期望在FreeBSD 5.0中修復。
MySQL構建進程需要GNU make(gmake)工作。如果沒有GNU make，必須在編譯MySQL前先安裝它。
建議的在FreeBSD中用gcc(2.95.2和以上版本)編譯和安裝MySQL的方法是：
CC=gcc CFLAGS="-O2 -fno-strength-reduce"
CXX=gcc CXXFLAGS="-O2 -fno-rtti -fno-exceptions
-felide-constructors -fno-strength-reduce"
./configure --prefix=/usr/local/mysql --enable-assembler
gmake
gmake install
cd /usr/local/mysql
bin/mysql_install_db --user=mysql
bin/mysqld_safe &
如果configure使用MIT-pthreads，應當閱讀MIT-pthreads注意事項。請參見2.8.5節，“MIT-pthreads注意事項”。
如果你從make install遇到一個它不能找到“/usr/include/pthreads”的錯誤，configure沒有檢測出你需要MIT-pthreads。要修復該問題，移走config.cache，然后用--with-mit-threads選項重新運行configure。
確定讓你的名字解析程序安裝正確，否則當連接mysqld時，你可能會遇到解析延時或失敗。保證在“/etc/hosts”文件中的localhost入口是正確的。“/etc/hosts”文件應該以下面一行開始：
127.0.0.1 localhost localhost.your.domain
已知FreeBSD的文件句柄限制默認值很低。請參見A.2.17節，“文件未找到”。使用--open-files-limit選項執行mysqld_safe啟動服務器，或在/etc/login.conf為mysqld用戶提高限制并用cap_mkdb /etc/login.conf重建它。如果你不使用默認名(即使用chpass mysqld-user-name)，還要保證為該用戶設置在密碼文件中的相應級別。請參見5.1.3節，“mysqld_safe：MySQL服務器啟動腳本”。
FreeBSD將進程空間限制到512MB，即使系統有很多的可用RAM也如此。因此你可能會遇到如下所示錯誤：
Out of memory (Needed 16391 bytes)
在當前版本的FreeBSD(至少4.x和更高版本)中，你可以在/boot/loader.conf文件中增加下面的條目并重啟機器增加該限制(不能在運行時間用sysctl命令更改這些設定值)：
kern.maxdsiz="1073741824" # 1GB
kern.dfldsiz="1073741824" # 1GB
kern.maxssiz="134217728" # 128MB
在舊版本的FreeBSD中，必須重新編譯內核，以便更改進程的最大數據段空間。在這種情況下，應當查看LINT配置文件中的MAXDSIZ選項查看更詳細的信息。
如果MySQL的當前日期有問題，設置TZ變量將會有幫助。請參見附錄F：環境變量。