在Windows平臺上，能夠使用普通用戶賬戶以Windows服務方式運行服務器。

在Unix平臺上，不是任何用戶都能啟動并運行MySQL服務器mysqld的。但是，處于安全方面的原因，應避免以Unix根用戶身份運行服務器。要想更改mysqld，使之能以正常的無特權Unix用戶user_name身份運行，必須采取下述步驟：

如果服務器正在運行，停止它（使用mysqladmin shutdown）。

更改數據庫目錄和文件，允許user_name讀寫其中的文件（可能需要以Unix根用戶身份完成這類設置）：

shell> chown -R user_name /path/to/mysql/datadir

如果未這樣做，當以user_name身份運行時，服務器無法訪問數據庫或表。

如果MySQL數據目錄下的目錄或文件采用的是符號鏈接，還需跟蹤這些鏈接，并更改它們指向的目錄和文件。chown –R可幫助你跟蹤符號鏈接。

以user_name身份啟動服務器。如果你正在使用MySQL 3.22或更高版本，另一種可選方式是，以Unix根用戶身份啟動mysqld，并使用--user=user_name選項。mysqld啟動，然后在接受任何連接前，切換至Unix用戶user_name并以該用戶身份運行。

要想在系統啟動時自動以給定的用戶身份啟動服務器，可在服務器數據目錄下的/etc/my.cnf選項文件或my.cnf選項文件的[mysqld]組中，通過增加用戶選項來指定用戶名。。例如：

[mysqld]

user=user_name

如果你的Unix機器本身并不安全，應在授權表中為MySQL根賬戶指定密碼。如不然，任何在該機器上具有登錄賬戶的用戶都能使用“--user=root”選項運行mysql客戶端，并執行任何操作。在任何情況下均應為MySQL賬戶指定密碼，這是個好主意，尤其是在服務器主機上存在其他登錄賬戶時，更是如此。請參見2.9節，“安裝后的設置和測試”。